Du XVIIe au XIXe siècle, la ville de Duberger faisait partie pour la majorité de son territoire de la seigneurie de Saint-Ignace et pour une partie de la seigneurie de Saint-Gabriel. À la fin du régime seigneurial, elle est devenue une partie Saint-Roch Sud, puis Saint-Sauveur, ensuite Saint-Malo pour devenir Petite-Rivière Saint-Charles (1902).

Petite Rivière Saint-Charles a par la suite perdu Ville Vanier en 1916 pour devenir ce qu’elle a été pendant quelques décennies. Le nom de Duberger est apparu un 1964 pour souligner l’embouchure de la rivière du Berger (qui était la Petite-Rivière). À partir de ce moment, après le boum démographique, Duberger a crû à une vitesse accélérée. La ville de Duberger s’est fusionnée à Québec en 1970.